27 Mayıs darbesinden sonra cumhurbaşkanlığı adaylığından zor ve tehditlerle vazgeçirilen Prof. Dr. Ali Fuad Başgil'in 1945 yılında da İsmet İnönü tarafından idamla tehdit edildiği ortaya çıktı..
Prof. Başgil, 1944 yılının sonlarında yazdığı bir makalede CHP'nin Öztürkçecilik politikasına sert eleştiriler içeren bir makale yazdı. Daha sonra 'Türkçe Meselesi' adıyla basılan bu makalenin gazetelerde yer almasından sonra bir dönem başbakanlık da yapmış olan Suat Hayri ürgüplü, İnönü'nün Başgil'e kızdığını ve üniversiteden attırmak istediğini söyler.
Derin Tarih dergisinin Ağustos 2014 sayısında yer alan anekdota göre 1945 yılında da "Despotizmin felsefesi" adıyla dönemin hükümetine ağır eleştirilerde bulununca İnönü, askeri erkanın da hazır olduğu Dolmabahçe'de yapılan bir toplantıda Başgil'i şu ifadelerle tehdit eder:
"Bir müddetten beri basında bize karşı sert tenkitler ve şiddetli hücumlar yapılmaktadır. Bu beylere, vaktiyle Şeyh Said isyanı sırasında tenkitte bulunanları, asileri ayaklanmaya teşvik ettikleri için, elleri bağlı olarak İstiklal mahkemeleri'ne sevk ettiğimizi hatırlatmak isterim."
İstiklal Mahkemeleri'nde yargılananların, özellikle Şeyh Said isyanıyla ilişkisi olduğu iddiasıyla mahkemelere sevk edilenlerin neredeyse tamamının idam edildiği biliniyor.