Kudüs 1099'da Haçlılar tarafından işgal edilirken İslam ümmeti ihtilaf, Hıristiyanlar ittifak içerisindeydi. 2 Ekim 1187'de Selâhaddîn-i Eyyubi tarafından fethedilirken ise Hıristiyanlar ihtilafta, İslam ümmeti Kudüs çevresinde ittifaktaydı.
Peygamberler şehri Kudüs
Kudüs kentinin etrafında kurulduğu Mescid-i Aksâ, Hazreti Âdem tarafından Mekke kentinin etrafında kurulan Kâbe-i Şerif'ten hemen sonra inşa edilmiştir.
Filistin'e bilinmeyen bir tarihte Arapların atalarından Yabusîler yerleşmiş; bugünkü Kudüs'ü inşa etmişler, şehre "Yabus" adını vermişlerdir.
Milattan yaklaşık 2 bin yıl önce ise Hazreti İbrahim (aleyhisselam), Nemrut'un baskısından dolayı Ur şehrinden hicret edip Harran ve Ürdün'e göç etmiş, oradan Mısır'a, Mısır'dan da Filistin topraklarına geçip yerleşmiş; Kudüs ve çevresi, onun soyundan gelenlerin akınına uğramıştır.
Kudüs, Milat'tan 1479 yıl önce, Mısır Firavunlarının hâkimiyeti altına girmiş; Kudüs'ün idarecileri, Kudüs ve çevresini İbranîlerden korumak için Mısır'dan yardım almışlardır. Bu dönemde İbranîler, Filistin'den çıkarılmış, Mısır'a götürülmüştür. İbranilerin İsrailoğulları olarak Filistin'e tekrar dönüşü, Milat'tan önce 1250'de, Hazreti Musa'nın (aleyhisselam) döneminde gerçekleşmiş, kendisinin vefatı üzerine İsrailoğullarının başına Yuşa bin Nun geçmiştir. İsrailoğulları ile Filistin yerlileri arasındaki savaş Hazreti Davud'un (aleyhisselam) M.Ö. 1049'da İsrailoğullarının başına geçinceye kadar devam etmiş, onun döneminde İsrailoğulları Filistin'e tam olarak hâkim olmuşlardır. Hazreti Davud'un vefatı üzerine yerine oğlu Hazreti Süleyman (aleyhisselam) geçmiş, Hazreti Süleyman, Kudüs'ü imar edip Mescid-i Aksa'yı yeniden inşa etmiştir.
İslâm'ın kıblesi, Mescid-i Aksâ
614'te Sâsânîler tarafından işgal edilen Kudüs'ü 629'da Bizans İmparatoru Herakleios geri almış ve İranlılardan aldığı kutsal haçı Kudüs'teki yerine koymuştur.
Milâdî 620'de, Hicret'ten 16 ay önce Hazreti Muhammed'in (sallallahu aleyhi ve selem) Mirac'ı, Mescid-i Aksâ'dan gerçekleşmiş, Mirac'dan önce, Mescid-i Aksâ'da bütün peygamberlerin önünde namaz kılmıştır. Peygamber Efendimiz Mekke'de iken İslâm'ın kıblesi, Mescid-i Aksâ'ydı.
Kudüs'ün Müslümanlar tarafından fethi ise Hazreti Ömer'in halifeliği sırasında, 638'de gerçekleşmiştir. O dönemde İlya denen şehir, yaklaşık bir yıl Ebu Ubeyde bin Cerrah tarafından kuşatıldıktan sonra Kudüs patriğinin talebi üzerine Hazreti Ömer tarafından teslim alınmıştır.
Ömer b. Abdülaziz Yahudilerin Kudüs'e yerleşmesini yasakladı
Emevi sultanlarından Abdülmelik tahta geçince (684) Mecsid-i Aksâ ve Kubetü's-Sahra'yı inşa etti. Şam-Kudüs, Kudüs-Remle yollarının işlek hâle getirilmesiyle Kudüs ile Suriye arasındaki bağ aynı dönemde güçlendirildi. Velid b. Abdülmelik zamanında Mecsid-i Aksâ ve Kubbetü's-Sahra'nın inşaatı tamamlandı. Velid, Kudüs hayranıydı; kimi rivayetlere göre halkın beyatını bile Kudüs'te almıştır. Diğer Emevî sultanları da Kudüs'e önem vermişler, Kudüs Hristiyanlarıyla yakınlık kurmuş, onlara görevler vermişlerdir. Ömer b. Abdülaziz ise Yahudilerin Kudüs'e yerleşme niyetini sezdiğinde şehre girişlerini yasaklamıştır.
Emevilerin Abbasîler tarafından yıkılmasıyla Abbasîlerden Salih b. Ali, Kudüs'ü ele geçirmiş (750) ancak Abbasîlerin merkezi yönetimi, Kudüs'ü Salih b. Ali'ye bırakmamış, merkezî yönetime bağlamıştır.
Harun Reşid Dönemi'nde ise Hristiyanlara gösterilen müsamaha artmış; Bizans İmparatoru'nun Hristiyanlara yardım etmesine ve Kiliseleri onarmasına izin verilmiştir.
Kudüs 969'da Fatımîlerin eline geçti
Kudüs, Abbasîlere bağlı beyliklerin oluşmasıyla sırasıyla Tolonoğulları ve İhşidlilerin hâkimiyetine girmiştir. Şehir İhşidlilerin elinde iken Fatımîlerin komutanı Cevher es-Sakalî'nin Filistin'e açılmasıyla 969'da Fatımîlerin eline geçmiştir; hutbe Fatımîler adına okunmaya başlamıştır.
Şehir Alparslan Dönemi'nde Selçuklu Emiri Atsız tarafından 1072'de Fatımilerden alınmıştır. Suriye'deki Selçuklu oluşumu bu dönemde istikrar bulmadığından Kudüs'te istikrarsız bir sürece girmiş; 1077'de Artukluların kurucusu Artuk bin Eksûk, Kudüs'e kadar uzanarak şehri ele geçirmiş ancak Fatımîler, 1095'te şehri kuşatmışlar, 40 gün süren bir kuşatmanın ardından şehri Artuklulardan almışlardır.
Kudüs 1099'da Haçlı istilasına uğradı
Alparslan'ın Malazgirt Zaferi (1071) ve Suriye'nin karışması üzerine Süleyman Şah'ın Anadolu'ya yönelmesiyle Anadolu Selçuklularının oluşması ve İznik'i başkent edinmeleri, Ortodoks Bizans İmparatoru Aleksios'u Katolik Papası Urban'dan yardım istemek durumunda bırakmıştır. İkili arasında ulaşılan mutabakatla Haçlı Seferleri başlamış, Kudüs 1099'da Haçlı istilasına altına girmiş, bu istilada Fatımî Valisi ve yakınları dışında hiçbir Müslüman hayatta kalmamış, şehrin bütün Müslümanları katledilmiştir.
1187'de Selahâddîn-i Eyyûbi tarafından Haçlıların elinden kurtarıldı
Kudüs, Irak Selçuklularının Musul valileri ve Musul Atabeg'i İmadüddin Zengi'nin ardından Nûreddin Mahmud Zengî ve Selahaddin'in Eyyûbî'nin faaliyetleri ile 1187'de Selahâddîn-i Eyyûbi tarafından Haçlıların elinden kurtarılmıştır.
Kudüs'ün Selâhaddîn-i Eyyûbî tarafından fethi, III. Haçlı Seferi'ne yol açmış; Alman, Fransız ve İngiliz Kralları Filistin'e gelip Kudüs'ü geri almak istemişler, Selâhaddîn-i Eyyûbî tarafından yenilgiye uğratılmışlardır.
Osmanlılar, 1516'da Filistin'e hâkim oldu
Eyyûbilerden sonra Memlukler ve Osmanlılar, Kudüs'ü yönetmişlerdir. Osmanlılar, Yavuz Sultan Selim'in Mercidabık Savaşı'nı kazanıp 1516'da Memlük Devleti'nin topraklarını ele geçirmesiyle Filistin'e hâkim olmuşlardır.
Osmanlılar, Filistin'i ele geçirdiklerinde Hristiyanların Filistin'e hâkim olma umutları çoktan son bulmuştur. Bu dönemde Yahudiler, Kudüs'le daha çok ilgilenmeye başlamışlardır.
İspanya'dan sürülüp Avrupa'nın diğer ülkelerinde de güvenli bir yaşam olanağı bulamayan Yahudiler, Osmanlı Devleti'ne gelmiş; Osmanlı, onları başta Balkanlar ve İstanbul olmak üzere İstanbul dışındaki yerlere yerleştirmeye çalışmışlardır.
Yavuz Sultan Selim ve ardından Kanuni Sultan Süleyman, Yahudilerin Kudüs ve çevresine yerleşmesini yasaklayan bir ferman çıkararak Yahudilerin emellerinin önüne geçmeye çalışmışlardır. Buna rağmen kimi Yahudiler, Filistin'e yerleşmenin yolunu bulmuştur. Bu yöndeki tespitler üzerine III. Murat Dönemi'nden önceki Mısır Valisi, 1581, 1583 ve 1585 yıllarında üç ferman yayımlayarak Yahudilerin Filistin'e yerleşmesinin önüne geçmeye çalışmış; buraya yerleşen Yahudileri sürgün etmiştir.
Sultan Abdülhamit'in de en büyük davası Kudüs'tü. Filistin'de bir Yahudi devletinin kurulmak istendiğini biliyordu. "Ben yaşadığım sürece Kudüs'ten bir karış toprak vermeyeceğiz." diyen Sultan Abdülhamit, Filistin ve Kudüs konusunda hiçbir zaman taviz vermedi.