Şu sorulabilir: İslam’ın sosyal bilimlerin yöntemiyle okunmasının ne gibi mahzurları var? Mahzurları şöyle sıralamak mümkün:
a) İslamî hakikat, vahiy ile bildirilen bilginin bilimsel yöntemle açıklanması yani kritik edilmesi ve bir başka paradigma tarafından tanımlanması sonucunu doğurabilir.
b) Batı’da gelişen bu yöntem bizi “bilimsel olan aklî olan, aklî olan bilimsel olandır” hükmüne götürdüğünden, bu da bizi “İslamî bir hakikat aklî midir, değil midir?” sorusuna götürür. Bu sorunun cevabını ararken, yani “İslamî bir hakikatin kriteri aklî mi olmalı, yoksa bilimsel mi olmalı” sorusunun cevabını ararken, sonuçta “bilimsel olmayan, yani bilimsel olarak açıklanmayan, aklî de sayılmadığından”, bu durumda vahyin kendisi, mesela Hz. İsa’nın babasız doğmuş olması aklî de olmaz; çünkü bilimsel olarak vahyi ve Hz. İsa’nın doğumunu açıklamak veya kanıtlamak mümkün değildir. Oysa İslam epistemolojisi açısından baktığımızda, -bilimsel yönteme göre bilimsel olarak açıklanamayan- bilimsel olmayan pekala aklî olabilir, aklidir de.
c) Bunun gözlemlenebilir sonucu ilahiyatçılarda veya “dindar akademisyenler”de müşahade edilmektedir. Söz konusu çevrelerinin eserlerine ve retoriklerine baktığımız zaman, kullandıkları üst dilin seküler dil olduğunu görüyoruz. İlahiyatçıların dili, dinin dili, İslam’ın dili değildir. Bilgi ve düşünce üretme yöntemleri de İslam fıkhının veya kelamının usulü değil, bilimsel ve akademik yöntemdir. Bu zaman içerisinde dilin ve yöntemin, dini sekülerleştirmesi sonucu olur. Bugün yöntem üzerinden sekülerleştirilmekte olan bir din telakkisinin şekillenmekte olduğunu gözlemleyebiliyoruz.
d) Bilimsel araştırmaya konu olan şey yöntemin ve hakim perspektifin tabiatı gereği “nesne” olur. Descartes, kartezyen felsefeyi geliştirirken, süje-obje ikiliğini esas almıştı ki, bunun manası matematiğin ve geometrinin diliyle ölçülebilir ve ifade edilebilir herşeyin nesneleştirilmesidir. Şu söz onundur: “Tabiatta, yani fizik dünyada herşeyi ölçün, ölçülemeyen şeyleri ölçülebilir hale getirin.” Söz konusu yöntem bu esasa dayandığından, İslami olan her konu somut verilerle ifade edilebilir nesne hale gelmedikçe bilimsel değer kazanamaz.
e) Daha felsefi derinlikte Descartese “bilen ve düşünenin ben (cogito)” olduğunu söylemişti. Yani bilen ve düşünen benim. Bu üst referans olduğunda bir yere kadar doğrudur, fakat yöntem üst referansı reddeder. Bu durumda İslam bakış açısından “El Alim olan Allah olduğu için ben bilirim, bilmeye çalışırım” sabitesi anlamını kabul eder.
Kur’an vahyinin ikili yapısından söz etmek mümkün: Hüküm ve hikmet.
Hüküm, nassın sabit olmasıdır. Çok basit bir cümleyle şöyle ifade edilir: ” Nassın sübutu, delaletin katiyeti”; buna göre eğer nas sabitse ve delalet de kat’I ise hüküm sabit olur. Mesela taammüden cinayet işlendiği sabiit olan katile neden ölüm cezası gerekir? Çünkü bu konuda nass sabit olmuştur. Neden namaz kılmamız icap ediyor? Çünkü bu konuda nass sabit olmuştur. Nass olduğu için biz namaz kılıyoruz.
Belirtmek gerekir ki bu basit bir konu değildir. Bu perspektiften  hükmün sübutunu hikmette aramaya başlarız. Buna göre eğer idam cezasının caydırıcı bir özelliği yoksa o zaman kaldırılabilir. Hâlbuki idam cezasını kesinleştiren şey onun hikmeti, faydası, caydırıcılık özelliği değil, nassın sübutu ve katiyet ifade etmesidir.
Hükümlerin hikmet yönü ikinci derecede önemlidir. Yani hükmün maksadını, faydasını, bize sağladığı yararları anlayabilmek için hikmete başvururuz; fakat hükmün katiyetini hikmetten hareketle tespit edemeyiz. Böyle bir şey olamaz. İllet, maksat, fayda, zarar, sosyal maslahat, tarihsel ve toplumsal bütün durumlar vs. bu zemin üzerinde ele alınır. Sosyal-beşeri bilimler, tarih, felsefe, sanat, laboratuar, hepsi birer araçtan ibarettir. Ancak hikmeti hangi düzeyde açarsanız açın, neden bu hüküm ortaya konmuştur, bunun hikmeti, faydası nedir diye sorun ve cevap verin. Açıklamalarınızın tümü aklî ve irfanîdir yani beşerîdir. Çünkü akıl da, irfan da, tarih de, kültür de bize aittir. Allah’a akıl, kültür, irfan izafe edemeyiz. Allah’ın ilmi vardır; irfan bize aittir.
Meleklere de akıl izafe edebilir miyiz? Meşşailere ve bazı Sufilere sorarsanız, en yüksek akıl Akl-ı faal olup, bu da Cebrail aleyhisselamdır. Buradan hareketle meleklere akıl izafe edebiliriz. Ama onlar aksi yönde iradeleri olmadığından akıllarını inkar ve isyan yönünde kullanamazlar. Bu yüzden onların biz insanlar gibi tarihleri, irfanları yoktur. Bittabii ve bizzarure marifetünnefse, marifetülhalka ve marifetullaha sahiptirler.
Kur’an vahyinde yer almış bulunan hükümleri akli melekelerimizi son sınırına kadar kullanarak   anlamaya ve hikmetlerini bulup ortaya çıkarmaya çalışalım. İster açıklayabilelim, ister aciz kalalım. Bu hükmü değiştirmez. Hüküm Hak’tan ve hakikatten neş’et etmiştir, o bizden bağımsızdır. Modern Müslüman zihin hükmü hikmete indirgedi, hikmetini açıklayabildiği, pozitivistçe anlayiblidiği hükmü kabul eder, edemediği hükümleri iptal etmeye yeltenir, bunu da çeşitli yollar ve yöntemler kullanarak yapmaya çalışır. Mesela tarihselci veya hermönetik okuma, hadislerin hüküm-teşri’ koyma özelliklerini ortadan kaldırma vs…

dünyabülteni